Historisch gezien maakten Cubaanse sigarenfabrieken slechts één merk of een kleine groep merken, afhankelijk van het fabriekseigendom. Dit ging min of meer onveranderd door tot 1980. Cubatabaco voerde toen een algemene revisie van de industrie uit. Veel processen in fabrieken werden gestandaardiseerd en alle fabrieken werd toegestaan om elke sigaar van elk merk te vervaardigen.
Onder dit systeem bleek het handhaven van consistente mengsels en kwaliteit inefficiënt en moeilijk. In 2002 werd een nieuw beleid ingevoerd: alle sigaren kunnen nog steeds in alle fabrieken worden gemaakt, maar nu heeft elk merk een “moederfabriek” die verantwoordelijk is voor de selectie van tabak en blend, ongeacht waar hun sigaren worden gerold. De moederfabriek zal over het algemeen het grootste deel van de productie voor hun merk afhandelen.
La Corona
La Corona of Miguel Fernández Roig fabriek is een van de grootste fabrieken in Havana. Het werd opgericht in 1889 en heeft de afgelopen decennia talloze grote gebouwen bezet. Het huidige gebouw is een vrij onopvallend industrieel gebouw in de Cerro-wijk van Havana.
La Corona is de moederfabriek van Hoyo de Monterrey, Punch, San Cristóbal de la Habana, La Flor de Cano, Cuaba en Por Larrañaga.
Partagás
De fabriek van Partagás of Francisco Pérez Germán bevond zich historisch dicht bij het Capitolio-gebouw in Havana. De gevel van dit beroemde gebouw is een veelvoorkomend kenmerk van veel kunstwerken en branding die verband houden met sigaren. De fabrieksactiviteiten eindigden in dit gebouw in 2010 en werden verplaatst naar een gebouw dat voorheen de El Rey del Mundo-fabriek had gehuisvest. Nog steeds in het centrum van Havana. Dit nieuwe gebouw staat algemeen bekend als de Moderne Partagás-fabriek. Het oude Partagás-gebouw was bestemd voor verbouwing tot tabaksmuseum en later tot hotel. Het gebouw is in 2020 gedeeltelijk ingestort. De toekomst is momenteel onduidelijk.
Naast het merk Partagás is de fabriek het moederhuis van Bolivar, La Gloria Cubana, Ramón Allones en Quai D’Orsay.
El Laguito
De El Laguito-fabriek werd in 1966 opgericht in een voormalig herenhuis in Cubanacán in de lommerrijke buitenwijken van Havana. Het is de moederfabriek voor het merk Cohiba en wordt over het algemeen beschouwd als een fabriek met een hogere standaard van rollen en kwaliteitscontrole dan andere fabrieken.
H. Upmann
De fabriek van H. Upmann of José Marti werd opgericht in 1844 en heeft in de loop der decennia verschillende faciliteiten in gebruik genomen. Het verhuisde in 2004 naar een “state-of-the-art” nieuw gebouw, maar vanwege constructiefouten had dit gebouw problemen met overstromingen, en de Upmann-fabriek verhuisde opnieuw, dit keer naar het voormalige Romeo y Julieta-fabrieksgebouw in het centrum van Havana in 2011.
Naast H. Upmann is de fabriek de moederfabriek voor de merken Montecristo en Diplomaticos.
Francisco Donatien
De fabriek van Francisco Donatien staat in Pinar del Río. Het was formeel een binnenlandse sigarenfabriek, maar werd eind jaren negentig opgewaardeerd om het merk Vegueros te produceren. Het is ook de moederfabriek van Trinidad (die daar begin jaren 2000 vanuit El Laguito werd overgebracht) en het merk Vegas Robania.
Romeo en Julia
De traditionele Romeo y Julieta-fabriek stond in het centrum van Havana, hoewel deze in 2011 werd afgestaan aan de H. Upmann-fabriek. Het merk was dakloos tot eind 2010 en de fabriek El Rey del Mundo / Carlos Baliño in de buitenwijken van Havana werd omgedoopt tot Romeo en Julia.
Naast Romeo y Julieta is het de moederfabriek van El Rey del Mundo en Saint Luis Rey.
Holguin
Een provinciale fabriek in de stad Holguín is de moederfabriek van het merk José L. Piedra.
Cienfuegos
Rond 1925 werd in de stad Cienfuegos een provinciale fabriek opgericht. Het is de moederfabriek van het merk Quintero.
Andere fabrieken
Naast de hierboven genoemde fabrieken zijn er nog enkele tientallen andere faciliteiten in zowel Havana stad als in de provincies rond het eiland. Deze fabrieken produceren alle sigaren die nodig zijn, onder toezicht van de moederfabrieken. Dit zal voornamelijk bestaan uit sigaren met een hoog volume, zoals de Montecristo No.4, Partagás Serie D. No. 4, enzovoort.
De meeste sigarenfabrieken zijn in de loop van de eeuwen van de tabaksindustrie meerdere keren verhuisd en er zijn veel grote historische gebouwen die vroeger fabrieken huisvestten in Havana en over het hele eiland.